Na początku XIV wieku wieś stanowiła własność szlachecką, następnie przeszła w ręce książąt oświęcimskich, którzy zbudowali tutaj niewielki gródek obronny. Odegrał on pewną rolę w okresie podjazdowych walk pomiędzy książętami a rycerzami króla polskiego.
O Malec toczyły się liczne spory i procesy. W 1630 roku właściciel Mikołaj Wolski przekazał Malec w testamencie ufundowanemu przez siebie wcześniej klasztorowi kamedułów na Bielanach pod Krakowem. W 1784 r. cesarz austriacki Józef II odebrał wieś kamedułom i przekazał ją na "fundusz religijny", po czym Malec został sprzedany w prywatne ręce.
Zimą 1940 r. zorganizowano w okolicy podziemny ruch ludowy, wywodzący się z przedwojennych działaczy Stronnictwa Ludowego. Ukazywał się tu tajny tygodnik pt. "Wiadomości podziemia". W czerwcu 1941 r. zorganizowano we wsi przy obozową grupę Batalionów Chłopskich w celu niesienia pomocy więźniom KL Auschwitz-Birkenau. Kierował nią Wojciech Jekiełek, który pełnił obowiązki komendanta powiatowego BCh, po nim kierownictwo grupy przejął Kazimierz Jędrzejowski z pobliskiego Osieka, aresztowany i zagazowany w KL Auschwitz.
Po II wojnie światowej część majątku przejęła Rolnicza Spółdzielnia Produkcyjna "Zgoda".
Na zapleczu zabudowań gospodarskich dawnego dworu, na jednym ze stawów widać wysoką na kilka metrów wysepkę. Na niej, przykryte darnią i krzewami, znajdują się resztki fundamentów warowni zburzonej w XV wieku. W 1996 r. przeprowadzono tu badania archeologiczne potwierdzające istnienie Gródka Śląskiego.
